Analýza neobvyklých míst v genomech organismů odolných ke stresu

Obor: Informatika

Typ: počítačový

Supervizor: Mgr. Jiří Voller, Ph.D.

volný projekt (je možné se zapojit, nikdo jej zatím neřeší)

Neobvyklé oblasti DNA  jako jsou G-kvartety a vysoce repetitivní sekvence jsou spojeny s rizikem vzniku řady onemocnění včetně rakoviny a neurodegenerace. Pozoruhodné je, že i přes riziko, které pro nositele představují, se v určitých genech tyto sekvence vyskytují i u příbuzných druhů. Cílem projektu je vytipování takových míst v nově přečtených genomech a pokusit se odpovědět na otázku, jestli se organismy odolné ke stresu, jako jsou třeba želvušky, dovedly v průběhu evoluce těchto rizikových elementů zbavit. Preferovaný jazyk – Python.