Typy dat používaných v molekulární fylogenetice - RFLP, AFLP, SSR genotypování a sekvenační data. Co je to fylogenetický strom - vysvětlení základních termínů, znaková a distanční data. Získávání a analýza sekvenačních dat - metody mnohonásobného porovnávání (multiple alignment). Modely evoluce DNA a výběr vhodného modelu - ModelTest a jModelTest. Distanční metody fylogenetické analýzy - UPGMA, NJ, Fitch-Margoliash, metoda minimální evoluce. Metoda maximální parsimonie a metoda maximální věrohodnosti - princip a rozdíly. Princip Bayesienovské metody stanovení fylogenetických vztahů - Mr Bayes, BEAST. Fylogenetická analýza sekvencí proteinů - rRNA sekvence, "universal tree of life", sekundární struktury a jejich využití ve fylogenetice. Analýza kódujících sekvencí DNA - struktura genů, orthologní, paralogní a xenologní sekvence a jejich vliv na výsledek fylogenetické analýzy. Testování fylogenetických stromů - jackknife, bootstrap, délka vnitřních větví, Bremerův index. Datování fylogenetických stromů. Další metody analýzy dat - fylogenetické sítě (princip metody a analýza dat pomocí Splits Tree). Alignmet-free metody v molekulární fylogenetice - princip a použití. Analýza fragmentačních dat - SSR genotypování.